On ne peut établir une date exacte sur son origine, mais c'est durant le XIe siècle qu´une petite congrégation d'Augustins construit le monastère.

Initialement ce fut un hôpital pour pèlerins géré par des chanoines de St Augustin. Il s’est intégré à l’Ordre des Prémontrés à la fin du XIIe siècle ou début du XIIIe siècle. L’abbé fut seigneur de Zugarramurdi et Urdax jusqu’en 1785.

Après l’époque médiévale dont il ne reste rien, la grande époque de splendeur fut celle des XVIe et XVIIe siècles, auxquels appartiennent les constructions actuelles.

Il subit deux grands incendies, en 1526 (quand la Navarre perdit son indépendance) et en 1793 (incursion des soldats de la Convention qui brûlent le village). Durant ce dernier incendie, la bibliothèque qui contenait plus de 9000 volumes fut détruite, la communauté religieuse se réfugia à Loyola jusqu’en 1806. Suite à la «Desamortizacion» de Mendizabal (ministre espagnol qui expropria l’Eglise de ses biens en 1839) l’édifice est abandonné par les Prémontrés, l’église devient alors paroissiale et les moines ne reviennent pas.

De l’ancien couvent demeure la grande église construite en pierre, utilisée comme église paroissiale, alors que le cloître et les autres dépendances, sont utilisés comme musée de l’histoire du monastère et du village et lieu d’exposition d’art.