Точную дату постройки клуатра определить невозможно; известно только, что монастырь был сооружён в течение ХI века небольшой общиной августинцев. Первоначально монастырь, управляемый канониками святого Августина, служил больницей для паломников. До 1785 года настоятель монастыря являлся сеньором Зугаррамурди и Урдакса.

От эпохи Средневековья ничего не осталось. Здания, сохранившиеся до наших дней, датируются великой эпохой ХVI и ХVII веков.

Первый пожар в монастыре случился в 1526 году, когда Наварра потеряла свою независимость, второй - в 1793 году, когда солдаты Конвента сожгли всю деревню. Во время второго пожара была уничтожена библиотека с более чем 9000 книг. До 1806 года религиозная община укрывалась в Лойле. В 1839 году испанский министр Мендисабаль лишил церковь собственности, и монахи ордена Премонтре окончательно покинули Урдакс.

От старинного монастыря осталась только самая большая церковь, построенная из камня и ставшая приходской церковью. Монастырская галерея и другие примыкающие здания стали музеем истории монастыря и художественной выставкой.